В результате распространения смертоносного вируса, остатки выживших людей оказываются в изоляции в одном отцепленном городе, где постепенно начинает назревать серьезный политический конфликт. Эон Флакс – профессиональная убийца, обладающая фантастическими акробатическими способностями, должна уничтожить главу правительства, чтобы положить конец этим противоречиям.